Türbenin içinde dört sanduka yer alır : Kaptan-ı Derya Barbaros Hayrettin Paşa, eşi Bala Hatun ve oğlu Hasan Paşa ve 1606-1608 yılları arasında Kaptan-Deryalık yapmış Cafer Paşa. Barbaros’un sandukası üzerinde aslı Beşiktaş Deniz Müzesinde saklanan yeşil bayrağının replikası vardır.
Bu bayrağın en üstünde "Allah'tan bir yardım ve yakın bir fetih vardır. (Ya Muhammed) Mü'minlere müjde ver" (Saff Suresi 13.) ayet-i kerimesi bulunmaktadır.
Ortasında ise Hz. Muhammed’in damadı Hz. Ali’nin çatal şeklindeki Zülfikar adı verilen kılıcı vardır. Kılıcın hemen yanındaki beyaz el "Pençe-i Âl-i Aba" diye anılır ve Hazreti Muhammed, kızı Hz. Fatma, damadı Hz. Ali ile torunları Hz. Hasan ve Hz. Hüseyin olmak üzere 5 kişiyi temsil eder.
Sancağın dört köşesinde İslam’ın dört halifesi Hz. Ebubekir, Hz. Osman, Hz. Ömer ve Hz. Ali' isimleri yazılıdır.
Sancağın alt bölümünde ise birbirine ters olarak iç içe geçmiş iki üçgen şeklinde Hazret-i Süleyman’în mührü vardır. Hazreti Süleyman mührü İstanbuldaki birçok tarihi caminin tavan, duvar ve cam süslemelerinde de görülür. Kuran-ı Kerim de de belirtildiği üzere rüzgar Allah tarafından Hazret-i Süleyman’ın emrine verilmiştir (Sad Suresi : 35 ). İşte bu nedenle olacak, açık denizlerde kaderi rüzgarlara bağlı olan Barbaros, sancağına Hazreti Süleyman’ın mührünü ilave etmiştir. Nitekim ünlü Preveze Savaşından önce Barbaros Allah’a yalvarışını şöyle anlatmıştır :
"Muharebe başlarken güney rüzgarı çok sert esiyor, kadırgalarımıza muhalif geliyordu. Kur’an-ı Kerim’den ayet-i kerimeler yazılı varakları derya yüzüne serptirip Cenab-ı Hakk’ın ben aciz kulundan bugüne kadar esirgemediği lütuf, merhamet ve inayetini niyaz ettim. Duam kabul buyuruldu. Rüzgar önce hafifledi, sonra cihet değiştirdi."
Aynı sembol daha sonra Yahudiler tarafından “David’s star” diye sıklıkla kullanıldığı ve özellikle Masonlar tarafından benimsendiği için müslümanlar arasında kullanımı zaman içinde giderek azalmış ve bugün artık kullanılmaz olmuştur.
Bilindiği gibi Barbaros’un bir vasiyeti de sandukası başında iki adet kandilin devamlı yakılması idi. Uzun zaman bu vasiyet yerine getirilmiş ama ileriki tarihlerde bu isteği sekteye uğramıştır. Günümüzde kubbeden sandukasının üzerine zincirle asılı çember bir avizede, kandil şeklindeki yedi fanus içindeki ampullerle onun bu arzusu yerine getirilmektedir.
